La Chiesa di San Tommaso, risalente agli inizi del XVI secolo, fu costruita accanto al Palazzo del barone Motta.

Il conservatorio  delle  Vergini  Riparate si trasferì in quel palazzo e utilizzò la Chiesa come cappella dal 1585 al 1607. Nel 1663 l'architetto Guarino Guarini realizzò un grande nuovo convento e nel chiostro interno rimase confinata la Chiesa di San Tommaso che non fu toccata.

Nel 1866 il convento fu trasformato in una scuola, il giardino con il chiostro fu venduto a privati e nella chiesetta si insediò un fornaio che ne sfruttò la cupola per cuocere il pane.

La Chiesa è a pianta rettangolare con quattro porte ai lati; sulla porta principale vi è un rosone e sopra di esso un'iscrizione in latino, datata 1530, decora l'architrave. Le porte laterali sono decorate in alto da un arco di mattoni e sei feritoie che consentono un'ulteriore luce all'interno. Una piccola abside forma la parte posteriore della Chiesa. La cupola, decentrata, poggiante su di un piano quadrato che si eleva dal tetto, presenta quattro piccole finestre rettangolari. Si deve all'opera paziente ed incessante dell'archeologo messinese Giacomo Scibona la scoperta, fatta di recente, quanto fosse anteriore al XVI secolo la costruzione e, quindi, la storia di questa straordinaria Chiesa. Dopo studi e scavi intorno al perimetro della chiesa si è potuto appurare che, in effetti, la chiesa che oggi vediamo non è altro che il frutto di rimaneggiamenti di un complesso architettonico più antico risalente al XII-XIII secolo di epoca tardo bizantina e normanna. Si è anche accertato che anteriormente al 1530 la chiesa avesse un tetto spiovente con un portale più ampio e affreschi policromi all'interno della zona absidale.