L'Orto Botanico dell'Universita di Messina ha sede in Piazza XX Settembre a realizzarlo fu il romano Pietro Castelli. La storia di questo Orto Botanico inizia nel 1638 quando l'Ateneo messinese decretò la fondazione dell'Hortus Messanensis. Il Castelli aveva assunto un sistema di classificazione delle piante davvero originale per quel tempo, egli le collocava in quattordici classi che, nel "Suo Orto" erano riunite in quattro "hortuli", disposizione sistematico-filogenetica che tanto si addice oggi a un moderno Orto Botanico.

Orto Botanico - Monumento a Pietro Castelli

Marcello Malpighi, fondatore dell'istologia e dell'anatomia vegetale, successe a Pietro Castelli. Malpighi condusse a Messina  uno studio accurato sul materiale proveniente dall'Hortus Messanensis, le sue numerose osservazioni vennero poi pubblicate nelle sue opere Anatomes Plantarum Idea e poi nell'Anatome Plantarum.

La storia ci riporta al 1678 quando gli spagnoli, riconquistando la città, vollero sopprimere qualsiasi barlume di cultura e così l'Università venne soppressa e, con essa, il magnifico Orto Botanico che fu completamente distrutto dopo soli quaranta anni dalla sua fondazione. 

Di quel gioiello naturalistico ed architettonico, per colpa della solita cieca ignoranza umana, ci rimane solo un disegno che è di grandissimo interesse.

Nel 1838 con decreto del governo borbonico fu istituita la nuova Universita ma, eventi politici burrascosi, catastrofi naturali e un disinteresse generale non consentirono, in quel periodo, la realizzazione del nuovo Orto Botanico che vide finalmente la luce dopo mezzo secolo di istanze avanzate dall'Ateneo messinese. Esattamente il 29 aprile 1889 il Consiglio Comunale di Messina accogliendo la proposta del prof. Antonino Borzì, deliberava all'unanimità di cedere quattro ettari sulle sponde del Torrente Portalegni per la costruzione di un Orto Botanico. 

Disastroso, infine, per l'Orto il terremoto del 1908; gli spazi che ospitavano le collezioni di piante vennero utilizzate per costruire baracche e, in seguito, con il nuovo piano regolatore vennero meno gli spazi dove attualmente è Piazza XX Settembre.

Nel 1990 la Sovrintendenza per i Beni culturali ed ambientali ha vincolato gli spazi adibiti ad Orto Botanico ponendo di fatto fine (era ora) alla possibilità di continuare uno scempio scellerato. Quello che oggi rimane è una superficie di quasi un ettaro (8000 m²) nel pieno centro cittadino con la ferma volontà di esistere prima ancora di resistere, per il bene della città e dei suoi abitanti.